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短程蒸馏器（分子蒸馏）与普通蒸馏相比有以下特点：
1：其分离操作可在物料沸点温度下的温度实现，只要系统的压力低于物料轻组份的饱和蒸汽压及加热面和冷凝面间的距离小于或等于轻组份的分子平均自由程，就能达到分离目的。
2：普通蒸馏是在物料沸点温度以上操作的，因此蒸发与冷凝是一个可逆过程，短程蒸馏器（分子蒸馏）其分离操作可在沸点温度以下实现的，因此短程蒸馏器（分子蒸馏）的蒸发与冷凝是一个不可逆过程。
3：普通蒸馏有鼓泡，沸腾现象，短程蒸馏器（分子蒸馏）其分离操作是在沸点温度以下实现的，因此没有鼓泡，沸腾现象，有利于整个系统保持较高的真空度。