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微生物实验室常用仪器设备有厌氧培养箱、恒温培养箱、干热灭菌箱、高压蒸汽灭菌器、超净工作台。
1、厌氧培养箱
厌氧培养箱亦称厌氧工作站或厌氧手套箱。厌氧培养箱是一种在无氧环境条件下进行细菌培养及操作的专用装置。它能提供严格的厌氧状态恒定的温度培养条件和具有一个系统化、科学化的工作区域。
2、恒温培养箱
恒温培养箱是一类恒温腔体的统称。广泛应用于医疗、工业、生物化学、工业生产及农业科学等科研部门，主要作用为培养各种微生物或者组织、细胞等生物体。
3、干热灭菌箱
干热灭菌箱采用干热灭菌法，是指用高温干热空气灭菌的方法。该法适用于耐高温的玻璃和金属制品以及不允许湿热气体穿透的油脂（如油性软膏机制、注射用油等）和耐高温的粉末化学药品的灭菌，适用于耐高温的玻璃器皿、瓷器、玻质注射器等，不适合橡胶、塑料及大部分药品的灭菌。
4、高压蒸汽灭菌器
高压蒸汽灭菌器是利用饱和压力蒸汽对物品进行迅速而可靠地消毒灭菌的设备，适用于医疗、科研、农业等单位。高压蒸汽灭菌器按照样式和大小分为手提式高压蒸汽灭菌器、立式高压蒸汽灭菌器、卧式高压蒸汽灭菌器等。可对医疗器械、敷料、玻璃器皿、溶液培养基等进行消毒灭菌。
5、超净工作台
超净工作台，又称净化工作台，是为了适应现代化工业、光电产业、生物制药以及科研试验等领域对局部工作区域洁净度的需求而设计的。
其通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入高效过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级洁净度，保证生产对环境洁净度的要求。