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将供试品注入微生物限度培养器内，通过检验仪自带内置进口隔膜液泵负压抽滤，将供试品中微生物截留在滤膜上，用取膜器取出滤膜，转移至配置好的固体培养基上，菌面朝上，平贴。盖上盖子形成封闭的培养盒，置于相应的恒温培养箱内培养并计数。
　　微生物限度检查应在环境洁净度10000 级下的局部洁净度100 级的单向流空气区域内进行。检验全过程必须严格遵守无菌操作，防止再污染。单向流空气区域、工作台面及环境应定期按《工业洁净室(区)悬浮粒子、浮游菌和沉降菌的测试方法》的现行国家标准进行洁净度验证。
　　1.实验前
　　1.1实验用工器具的准备：检测过程中用到的玻璃平皿需灭菌(湿热灭菌121℃、30分钟或干热灭菌160℃、2小时)备用；剪刀、镊子等需先用纱布包好，外包牛皮纸包好扎紧，灭菌(湿热灭菌121℃、30分钟)；移液管、枪头等用报纸包好扎紧，灭菌(湿热灭菌121℃、30分钟)。
　　1.2培养基及稀释液的准备：根据检验样品，计算出培养基与稀释液的用量，按照比例进行配置，包好，根据培养基与稀释液的属性，进行湿热灭菌，备用。
　　1.3洁净服准备：将当天所用洁净服放入灭菌锅中进行灭菌，备用；或使用已灭菌且在有效期内的洁净服。
　　1.4确保实验洁净区域通风，观察洁净室各个规定区域的压差是否符合规定，若不符合，及时通知设备部门，进行调整。
　　2.实验中
　　2.1将实验所需的平皿、培养基、工器具、稀释液放入传递窗中，打开紫外灯，照射30分钟。
　　2.2进入洁净区域，手清洁消毒，换上洁净服，进入检查室，打开洁净工作台通风，用消毒剂擦拭台面，取出传递窗中照射后物品，按照使用先后顺序置于洁净工作台上，摆好后紫外照射30分钟，人员退出检查室，紫外照射结束后，继续通风30分钟，检测人员方可进入检查室进行实验。
　　2.3实验过程中需点酒精灯，拆开灭菌后包好的培养基外层，在近火焰处轻微灼烧培养基瓶口，打开瓶盖，倾倒培养基至灭菌后的平板中，待冷凝后使用。
　　3.实验后
　　3.1清洁及：做完实验后，用消毒剂对操作台面进行擦拭消毒，待实验培养物和实验废弃物传出洁净区域后，使用纯化水对地面进行清洁。
　　3.2培养及结果观察：需氧菌平板应在30-35℃下，培养3-5天，霉菌与酵母菌平板应在20-25℃下，培养5-7天，空白与阴性对照应无菌生长。